Lista de Alunos | Ex.1 | Ex.3

Exercício 2 - Introdução ao NumPy, geração de imagem, imagem multidimensional (slicing)

  1. Explore melhor as questões de cópia e visualização de arrays que começamos a discutir em aula. Crie exemplos para demonstrar o uso de shape, reshape, copy, etc.
  2. Estude o exercício de criação da imagem XADREZ de anos anteriores. Tente entender as diferentes soluções (http://calhau.dca.fee.unicamp.br/wiki/index.php/IA354I1S2007_Exercicios).
  3. A figura abaixo mostra o resultado de um exame completo de ressonância magnética do cérebro. O conjunto de dados possui as seguintes dimensões: 224 x 224 x 180 . A imagem a esquerda é um mosaico gerado pela função iamosaic, com todas as fatias do volume colocadas lado a lado. A imagem a direita mostra apenas uma fatia. Estude a função iamosaic para entender como ela funciona. Veja se há como propor melhorias no código. Tente criar outra função para visualização dos dados, por exemplo: um mosaico com 3 fatias, sendo que cada uma em um plano (XY, YZ e XZ).
 1 import dicom
 2 import numpy as np
 3 from ia636 import *
 4 from pedroferro86.iamosaic import iamosaic
 5 
 6 # lê arquivo dicom
 7 filename = 'PHILIPS/DICOM/IM_0007'
 8 dataset = dicom.read_file(find_attachment_file(filename))
 9 
10 # verifica dimensões dos dados
11 linhas = dataset.Rows
12 colunas = dataset.Columns
13 fatias = dataset.NumberofFrames
14 
15 data = dataset.pixel_array.astype(float64)
16 
17 g = iamosaic(data,fatias,1,15,'XY')
18 adshow(ianormalize(g))
19 adshow(ianormalize(data[100]))

  1. Iniciem a leitura do paper: James S. Duncan and Nicholas Ayache, Medical Image Analysis: Progress over two decades and the challenges ahead. Ao longo da semana que vem nós iremos discutí-lo em sala de aula.

Quando fizer seu relatório, inclua o link que aparece na página da Lista de Alunos, aqui nesta página mais abaixo e inclua também na sua página pessoal do curso. Atualize também o código (d, D ou T) sobre o status de preenchimento do relatório na página da Lista de Alunos .